《民法典》物权编的一些新规则和新制度，与不动产登记有着密切关系，诸如对预告登记适用范围的明确、新增有关居住权登记的内容，以及对集体建设用地使用权抵押、非营利法人公益设施禁止抵押、抵押财产转让规则的规定等。此外，涉及土地经营权性质与登记的内容也非常值得关注。
农村土地承包经营权是我国独有的一类用益物权,它反映了我国经济体制改革产生的以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制。2015年11月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《深化农村改革综合性实施方案》，明确提出要保持现有农村土地承包关系稳定并长久不变，落实集体所有权，稳定农户承包权，放活土地经营权，实行“三权分置”改革。2016年10月，中共中央办公厅、国务院办公厅又发布了《关于完善农村土地所有权承包权经营权分置办法的意见》，提出将土地承包经营权分为承包权和经营权，实行所有权、承包权和经营权分置并行。
“三权分置”改革是继家庭联产承包责任制后，我国农村改革的又一重大制度创新。依据“三权分置”改革的要求，2018年，我国修订了《农村土地承包法》，原有的两类土地承包经营权——以家庭承包方式取得的土地承包经营权与以其他方式（招标、拍卖、公开协商等方式）取得的土地承包经营权，都发生了重大变化。依据《农村土地承包法》，通过家庭签订其他不动产物权协议承包方式取得土地承包经营权的承包户，既可以自己经营——享有土地承包经营权，也可以保留土地承包权，通过出租（转包）、入股或者其他方式向他人流转土地经营权，从而实现土地承包经营权中的承包权与经营权的分离。
同时，《农村土地承包法》规定，以招标、拍卖、公开协商等其他方式承包荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地的，承包人取得的不再是土地承包经营权，而是土地经营权。如此一来，除了土地的所有权外，在实行土地承包经营制度的农民集体所有和国家所有、由农民集体使用的耕地、林地、草地以及其他用于农业的土地上，就产生了土地承包经营权和土地经营权两类权利。
综上可见，土地经营权是我国农村土地“三权分置”改革的产物。通过设立土地经营权这种新型的权利，既可以使土地承包经营权人在流转土地经营权后仍然保留土地的承包权，从而实现党中央提出的“保持农村土地承包关系长期稳定并长久不变”的政策，消除了承包农户的顾虑；同时又将农村集体经济组织成员通过家庭承包方式取得的农村土地承包经营权，与民事主体上不受限制而通过招标、拍卖、公开协商等方式承包荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地取得的土地经营权相区分，更加有利于农业生产经营。
依据《农村土地承包法》的规定，土地经营权分为两种类型：一是土地承包经营权人通过出租、入股或其他方式向他人流转的土地经营权，二是通过招标、拍卖、公开协商等方式承包不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地而取得的土地经营权。土地承包经营权属于用益物权，这一点早已为《物权法》所确认，不存在争议。有疑义的是，土地经营权的性质究竟是什么？对此，理论界一直存在物权说、债权说等不同观点。
《民法典》第341条和《农村土地承包法》第41条明确规定，流转期限为五年以上的土地经营权，自流转合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请土地经营权登记；未经登记，不得对抗善意第三人。由此可见，流转期限五年以下的土地经营权，其性质上应当属于债权；流转期限五年以上的土地经营权，则属于用益物权，但是，该权利如果不登记，不得对抗善意第三人。
立法机关的理由在于，实践中不同类型的土地经营权人对其权利的需求是不同的：有些因前期投入大、回收成本和取得收益的时间长，希望土地经营权更加稳定，性质为物权更好；有些投入小，加之农作物大都一年一熟，且价格波动又大，认为短期的土地经营权即可。规定五年这一期限，可以满足不同利益诉求的权利人的需求。如果是五年以上的，则土地经营权人为了保持权利的稳定，可以通过登记公示，使该权利成为物权并可以对抗他人。对于以其他方式承包农村土地、取得土地经营权的权利人而言，还能在登记后将该权利进一步流转，从而满足融资的需求。反之，如果土地经营权的流转期限是五年以下的，则权利人无须登记，只将该权利作为债权，即可受到法律的保护，而且此种权利也可以进行融资担保。
在《民法典》物权编对土地承包经营权和土地经营权都进行了规定的情况下，未来的《不动产登记法》中应当明确增加对流转期限五年以上的土地经营权登记的规定，包括土地经营权的首次登记、转移登记、变更登记、注销登记以及以土地经营权抵押而申请的抵押权首次登记等类型。
