新《土地管理法》实施以来，关于违法占用耕地建房由谁处罚的问题，自然资源部门与农业农村部门之间经常存在争议，尤其是在农村村民违法占用耕地建住宅的问题上，双方均认为应由对方处理。笔者认为，法律规定及自然资源部、农业农村部的相关规定是明确的。
先看法律规定。
《土地管理法》第七十五条 违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第七十七条未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第七十八条农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
综合上述三条规定，笔者认为，擅自占用耕地建房的，一般由自然资源部门处理。但对农村村民非法占用土地（包括占用耕地）建住宅的，应由农村农村部门处理。《土地管理法》第七十五条规定的按照职责处罚，即是按照第七十七条、第七十八条确定的职责。因此，法律规定很明确，对农村村民这一特定主体实施非法占用土地建住宅这一特定行为的，应由农业农村部门处理。非这一特定主体和非建住宅这一行为，均不属于第七十八条规定的行为，应由自然资源部门处理。如果认为农村村民占用耕地建住宅应由自然资源部门处理，显然会推导出耕地不是土地这一荒谬的结论，明显违背了《土地管理法》第七十八条的规定。
再来看两部关于行政处罚事项清单和目录的规定。
2019年底，自然资源部办公厅印发《自然资源部行政处罚事项清单》。清单中将《土地管理法》第七十五条作为处罚事项。
（注：2019年8月26日十三届全国人大常委会第十二次会议通过的《土地管理法》修正案将第七十四条改为第七十五条，其中的“土地行政主管部门”修改为“自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责”）
2020年5月27日，农业农村部印发《农业综合行政执法事项指导目录（2020年版）》，明确将土地管理有关执法事项列入农业综合行政执法事项指导目录。
两部在制定行政处罚清单和目录时，均将《土地管理法》第75条列为自己的处罚事项，是因为第七十五条规定的占用耕地建房，并不只有农村村民占用耕地建住宅，还包括其他单位和个人占用耕地建公共设施、产业类房屋等行为。不同主体实施不同行为，处罚机关并不相同。如前所述，对农村村民擅自占用耕地建住宅的，由农业农村部门处理，其他主体占用耕地实施非住宅建设的，由自然资源部门处理，不能将该条中规定的所有擅自占用耕地建房圴归于自然资源部门或农业农村部门处理。
