根据《自然资源行政应诉规定》（以下简称《规定》）第十八条的规定，应诉承办机构应当自自然资源主管部门收到人民法院应诉通知书之日起15日内，按照人民法院的要求将答辩状、证据、依据等相关材料提交立案的人民法院。因不可抗力等正当事由导致证据不能按时提供的，应当向人民法院提出申请，经准许后可以延期提供。
证据、依据等相关材料涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私的，应诉承办机构应当作出明确标注和说明，安排工作人员当面提交给人民法院，由人民法院指定的人员签收。
提交答辩状及证据依据的一般规定
根据《行政诉讼法》第六十七条规定，被告应当在收到起诉状副本之日起十五日内向人民法院提交作出行政行为的证据和所依据的规范性文件，并提出答辩状。提交答辩状及证据依据是自然资源主管部门作为被告的法定责任，也是提出自己的答辩意见、反驳理由从而证明行政行为合法性的一项权利。
关于答辩状的规定：答辩状应当围绕行政机关是否具有相应法定职责，紧扣实体和程序，从证据、法律法规适用等方面进行论述。需要强调的一点是，有人认为本条关于提交答辩状期限的规定过于严苛，而且法律没有明确规定必须提交答辩状。事实上，《行政诉讼法》第六十七条虽然规定被告不提出答辩状的，不影响人民法院审理，但是也明确指出被告应当在收到起诉状副本之日起十五日内提交答辩状。而且，实践操作中，人民法院均要求行政机关按期提交答辩状。
关于证据的规定：一是关于被告的举证责任。被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。被告不提供或者无正当理由逾期提供证据，视为没有相应证据。二是关于延期举证。被告在作出行政行为时已经收集了证据，但因不可抗力等正当事由不能提供的，经人民法院准许可以延期提供。被告申请延期提供证据的，应当在收到起诉状副本之日起15日内以书面方式向人民法院提出。人民法院准许延期提供的，被告应当在正当事由消除后15日内提供证据。逾期提供的，视为被诉行政行为没有相应的证据。三是关于被告补充证据。原告或者第三人提出了其在行政处理程序中没有提出的理由或者证据的，经人民法院准许，被告可以补充证据。四是关于被告收集证据的限制性规定。在诉讼过程中，被告及其诉讼代理人不得自行向原告、第三人和证人收集证据。五是关于人民法院要求提供或补充证据。人民法院有权要求当事人提供或者补充证据。六是关于人民法院调取证据。人民法院有权向有关行政机关以及其他组织、公民调取证据。但是，不得为证明行政行为的合法性调取被告作出行政行为时未收集的证据。
关于依据的规定。这里的依据，一般指的是“规范性文件”。但实践中，为了让合议庭法官了解行政管理背景、原因，充分理解行政行为的合法性合理性，自然资源主管部门应当向法院提交所有相关的政策规定。
延期提交证据的条件
——应当经人民法院准许。自然资源主管部门应当在法定的举证期限内举证，因此，延期举证要受到严格的限制，必须经人民法院准许。
——应当是自然资源主管部门在作出行政行为时已经收集的证据。这一规定，是强调自然资源主管部门申请延期提供的证据，应当是依据“先取证，后裁决”的原则，依法定程序在作出行政行为的过程中收集的证据；不按法定程序收集的证据，应视为被诉行政行为没有相应的证据，而不能申请延期提供。《最高人民法院关于适用〈行政诉讼法〉的解释》作出了复议程序中可以依法收集补充证据的规定。其中，第一百三十五条第三款规定，复议机关作共同被告的案件，复议机关在复议程序中收集和补充的证据，可以作为人民法院认定复议决定和原行政行为合法的依据。这是对以往对于原行政行为作出后，不能再收集、补充证据的规则的重大调整。
——因不可抗力等正当事由不能提供的证据。“不可抗力”是指不能预见、不能避免和不能克服的客观情况，如战争、地震、台风、水灾等。除不可抗力外，还包括非自身所能控制的因素等其他正当理由。
涉密证据的处理
行政诉讼程序中对于涉密证据的处理：一是人民法院调取。与案件有关的涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据，原告或者第三人不能自行收集，但是可以申请人民法院调取。二是公开开庭时不得出示。对涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据，不得在公开开庭时出示。三是当事人及其代理人不得查阅。当事人和其他诉讼代理人有权按照规定查阅、复制本案庭审材料，但涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的内容除外。
提交涉密证据的方式：《保守国家秘密法》第二十五条第三项规定，任何组织和个人不得通过普通邮政、快递等无保密措施的渠道传递国家秘密载体。《保守国家秘密法实施条例》第二十一条第三项规定，传递国家秘密载体，应当通过机要交通、机要通信或者其他符合保密要求的方式进行。《中共中央保密委员会办公室、国家保密局关于国家秘密载体保密管理的规定》对秘密载体的收发与传递作了明确规定。若提交复印件，绝密级证据的复印应取得发文单位或其上级机关同意，做好内部复印的审批、登记手续，通过涉密复印机复印，并按《保守国家秘密法实施条例》第二十一条第四项的要求处理，做好登记工作。据此，自然资源主管部门提交的证据、依据等相关材料涉及商业秘密或者个人隐私的，应当将证据涉密情况与法院进行沟通，在提供证据时作出明确标注和说明。同时，为保证涉密证据的安全，自然资源主管部门应当安排工作人员当面提交给人民法院，由沟通后人民法院指定的人员签收。
